论文题目：Comparative evaluation of methods for isolating extracellular vesicles from ICC cell culture supernatants: Insights into proteomic and glycomic analysis

期刊名称：Cell Communication and Signaling

成果所有人：高春芳课题组

论文发表时间：2025年04月29日

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本研究系统评估了五种细胞外囊泡（EV）分离方法在胆管癌细胞培养上清中的应用效果，包括超速离心（UC）、QIAGEN的exoEasy试剂盒、Invitrogen的总外泌体分离试剂（从细胞培养基）、逸微健华的EVtrap以及Cytiva的ÄKTA pure 25系统配备Capto Core 700色谱柱。通过综合比较所得EVs的物理特性、蛋白质组学特征及糖组学结构，全面评价了不同分离策略的性能。其中，蛋白质组分析采用周新文老师负责的Orbitrap Exploris 480质谱仪，糖组分析使用魏黎明老师负责的RapifleX MALDI飞行时间质谱仪进行检测。研究表明，UC法在操作复杂度、成本控制及EV生物学活性保持方面实现了最佳平衡，因而被确定为本研究的最优分离方法。基于UC法提取的EVs，进一步开展了TMT定量蛋白质组学分析和轻/重甲胺标记的唾液酸化N-糖异构体定量研究，共鉴定到1928个高置信度蛋白和84种高置信度糖分子。经过相对定量分析我们发现在过表达ST6 β-半乳糖苷α 2,6-唾液酸转移酶1（ST6GAL1）的HuCCT1和HCCC-9810细胞来源EVs中，有16种蛋白一致上调表达、10种蛋白一致下调表达，同时3种糖型显著上调、3种糖型显著下调。综上所述，ICC来源EVs的定量蛋白质组学与糖组学分析表明，ST6GAL1过表达显著影响与癌细胞黏附及糖基化通路相关的蛋白表达，并引起特定N-糖结构的改变。值得注意的是，这些变化不仅限于α2,6-唾液酸化，提示糖基转移酶之间的协同作用可能共同驱动EV糖组特征的重塑。