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技术团队

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  • 姜燕
    姜燕
    职称:高级工程师

管理的仪器: 

1Illumina高通量基因测序仪(NovaSeq6000, NextSeq, MiSeq

2. 10X Genomics单细胞文库制备系统

3. MMI激光显微切割单细胞分离系统

4. epMotion 5075高通量全自动移液工作站

5. Attune NxT声波聚焦流式细胞分析仪

6. ABI定量PCR仪(QuantStudio 5-384孔,7500-96孔)

7. QsonicaPIXUL™多样本超声仪

8. 高速立式冷冻离心机

开展的服务:

平台提供从组织到单细胞水平,覆盖基因组、转录组及表观遗传组的多维度科研技术服务。

1. 高通量测序与文库构建:利用epMotion工作站自动化制备各类测序文库;依托Illumina平台提供全基因组、全外显子组、转录组及甲基化测序等服务。

2. 单细胞与空间多组学分析:通过10X Genomics平台提供单细胞转录组测序全流程服务;利用MMI系统进行基于形态学的精准细胞分离;结合Attune NxT流式细胞仪提供细胞表型分析与验证。

3. 精准核酸定量与功能分析:使用ABI定量PCR系统进行基因表达定量、基因分型及高通量筛选。

4. 标准化样本前处理:利用超声仪实现染色质/DNA的标准化片段化;通过高速离心机及自动化工作站完成样本的高效制备与处理。

可服务的新技术新方法:

1. 全自动规模化建库:基于epMotion工作站实现高通量、标准化的测序文库构建,提升大队列项目的数据一致性与效率。

2. 多组学整合分析:联合全基因组甲基化测序与基因组/转录组测序,提供遗传、表观与表达多维度的关联解析。

3. 空间多组学解决方案:整合MMI激光显微切割技术与下游转录组/蛋白质组学分析,实现对复杂组织特定区域的原位分子机制研究。

4. 单细胞多组学服务:依托10X Genomics平台,提供从单细胞制备、建库到生物信息分析的一站式解决方案,用于解析细胞异质性及发育轨迹。

5. 高速高内涵细胞表型分析:利用Attune NxT流式细胞仪进行多参数细胞表型鉴定与功能验证,为组学研究提供补充与验证数据。

平台核心优势在于能够根据科学问题,灵活组合上述技术,设计并执行定制化的整合型研究方案。

案例:

1. 与上海红房子妇产科医院合作,针对600余例胎盘样本,利用全自动移液工作站与Illumina NovaSeq6000平台,完成Total RNA-seq与全基因组甲基化测序(WGBS),累计产出数据28T,从转录组与表观遗传层面解析新生儿紫癜的发病机制。

2. 与复旦大学脑科学研究院合作,对药物处理的年轻与年老小鼠淋巴细胞样本,利用10X GenomicsIllumina平台完成9例样品的单细胞转录组测序,揭示了衰老过程中免疫细胞的异质性变化。

3. 与复旦大学表型组研究院合作,利用MMI激光显微切割系统对冷冻与石蜡切片进行精准区域切割,结合下游转录组与蛋白质组学分析,实现了高精度的空间多组学研究。

发表论文:

1.Jiang Yan; Xiang Chan; Zhong Fan; Zhang Yang; Wang Liyan; Zhao Yuanyuan; WangJiucun; Ding Chen; Jin Li; He Fuchu; Wang Haijian; Histone H3K27 methyltransferase EZH2 and demethylase. JMJD3 regulate hepatic stellate cells activation and liver fibrosis, Theranostics, 2021, 11(1):361-378 (第一作者)

2.Fan Zhong; Yan Jiang ; Endogenous Pancreatic β Cell Regeneration: A Potential Strategy for the Recovery of β Cell Deficiency in Diabetes, Frontiers in Endocrinology, 2019, 10 (共同第一作者, 唯一通讯作者)

3.Yan Jiang; Yuanyuan Zhao; Fuchu He; Haijian Wang ; Artificial MicroRNA-Mediated Tgfbr2 and Pdgfrb Co-Silencing Ameliorates Carbon TetrachlorideInduced Hepatic Fibrosis in Mice, HUMAN GENE THERAPY, 2019, 30(2): 179-195 (共同第一作者)

4.Yan Jiang; Sheng Wang; Yuanyuan Zhao; Chengzhao Lin; Fan Zhong; Li Jin; Fuchu He; Haijian Wang ; Histone H3K9 demethylase JMJD1A modulates hepatic stellate cells activation and liver fibrosis by epigenetically regulating peroxisome proliferator-activated receptor γ., FASEB J.,2015, 29: 1830-1841 (第一作者)

5.Jiang Yan; Wang Wenjing; Wang Jiucun; Lu Ye; Chen Yanmei; Jin Li; Lin Dongxin; He Fuchu; Wang Haijian; Functional regulatory variants of MCL1 contribute to enhanced promoter activity and reduced risk of lung cancer in nonsmokers: Implications for context-dependent phenotype of an antiapoptotic and antiproliferative gene in solid tumor, Cancer, 2012, 118(8):2085-2095  (第一作者)

项目:

1. 国家自然科学基金青年项目(31301050,主持,已结题。

2. 国家自然科学基金面上项目(31970827,主持, 已结题

专利:

发明名称:靶向肝星状细胞敲低Pdgfrβ和TβrII基因的人工miRNA及其载体系统;授权号:CN108913689B

专著或者软件:

1. 基于深度学习的预测TCR识别肽软件;登记号:软著登字第16945039号。

2. 基于深度学习的预测BCR识别肽软件;登记号:软著登字第16945177号。