管理的仪器名称：全能型超高分辨三合一质谱分析系统-Eclipse

开展的服务：蛋白质组学及翻译后修饰组学

可服务的新技术新方法：糖基化新方法开发及新型修饰

案例：

1. 磷酸化、全蛋白质组定量

复旦大学附属妇产科医院李笑天教授课题组采用某疾病的人某组织和正常组织进行全蛋白组和磷酸化蛋白组分析，研究该疾病在发病期相应组织中哪些蛋白质的表达量发生了变化，以寻找药物治疗的新靶点。复旦大学附属妇产科医院未配备高精度和高准确度的生物质谱，而无法开展精准的定量工作。通过本平台的全能型超高分辨三合一质谱分析系统Orbitrap Eclipse（资产编号：F2201859）准确鉴定了组织中特征蛋白及特征磷酸化的氨基酸序列，并进行了准确定量，为后期进行生物标志物的筛选及临床研究奠定了坚实的基础，相关文章正在投稿中。该服务案例被中国科协“科研仪器案例库”收录。

2.助力糖基化分析软件开发

我院副研究员曹纬倩、计算所曾文锋2021年（Nature Methods）发表的pGlyco软件，是广受好评的已知糖肽分析软件，2022年和北航刘超合作又进一步支持了非标定量，发表了pGlycoquant软件（Nature Commun），2024年，进一步发展了稀有糖型、缺乏糖库物种糖肽的分析，在Nature Commun上线了新的搜库软件：pGlycoNovo。pGlycoNovo通过独特的质控打分算法，在完整糖肽的鉴定中展示了其强大的鉴定能力和分析效率，特别是在不同物种数据库中未记录的罕见和未知的聚糖上面。本平台的全能型超高分辨三合一质谱分析系统（资产编号：F2201859）采集了文章中提到的各种模式生物包括植物、蠕虫、果蝇、斑马鱼和小鼠的糖基化肽，为pGlycoNovo软件的开发提供了可靠的质谱数据支持，协助突破了糖肽分析的数据库壁垒。

Wen-Feng Zeng, Guoquan Yan, Huanhuan Zhao, Chao Liu, Weiqian Cao*.Uncovering missing glycans and unexpected fragments with pGlycoNovo for site-specific glycosylation analysis across species. Nat Commun. 2024 Sep 14;15(1):8055.

3.助力糖基化定量分析方法开发

我院陆豪杰教授组对血清及细胞进行N糖链分析，完成蛋白提取、酶解、TMT标记、混合N糖链富集后，将标记好的N糖链交由平台，用全能型超高分辨三合一质谱分析系统Orbitrap Eclipse（资产编号：F2201859）进行分析，采用优化过的采集方法：串级碎裂能量使用Step Engrgy HCD(20%、30%、40%)，扫描始于100m/z，分辨率30K，并打开TMT Turbo功能，实现了一个Run完成了10个样品的N糖链定量分析，共完成155个样品，强有力支撑了后续生物标志物发现和验证的相关课题。

Xuejiao Liu , Ying Zhang , Haojie Lu .A high-throughput N-glycan analysis strategy with targeted mass spectrometry (HTnGQs-target) for liver disease diagnosis. Chem Sci. 2025 Nov 4.

代表论文：

1.Xie, Xiaofeng,Xiang, Jianfeng,Zhao, Huanhuan,Tong, Bingrun, Zhang, Lei,Kang, Xiaonan,Kong, Siyuan,Wang, Tao,Cao, Weiqian. Integrative Quantitative Analysis of Platelet Proteome and Site-Specific Glycoproteome Reveals Diagnostic Potential of Platelet Glycoproteins for Liver Cancer[J]. Analytical Chemistry,2025, 97(3): 1546-1556.

2.Kong, Siyuan,Wu, Mengxi,Wang, Xinmeng,Zhao, Huanhuan,Zhou, Xinwen,Yan, Guoquan,Yao, Jun,Cao, Weiqian. Large-scale glycoproteome analysis reveals inverted distribution of Neu5Gc and Neu5Ac in mouse liver tissues and cell lines[J]. Carbohydrate Polymers, 2025,367.

3.Zeng, Wen-Feng,Yan, Guoquan,Zhao, Huan-Huan,Liu, Chao,Cao, Weiqian. Uncovering missing glycans and unexpected fragments with pGlycoNovo for site-specific glycosylation analysis across species[J]. Nature Communications,2024,15(1).

4.Wang G , et al. Multi-comparative Thermal Proteome Profiling Uncovers New O-GlcNAc Proteins in a System-wide Method. Anal Chem.

5.Liu X , et al. High-throughput intact Glycopeptide quantification strategy with targeted-MS (HTiGQs-target) reveals site- specific IgG N-Glycopeptides as biomarkers for hepatic disorder diagnosis and staging.  Carbohydrate Polymers.

6.Kong S , et al. pGlycoQuant with a deep residual network for quantitative glycoproteomics at intact glycopeptide level.Nat Commun.

7.赵欢欢, et al. 基于TMT10-plex等量标记结合SMOAC富集磷酸肽的定量磷酸化蛋白质组性能评价[J]. 高等学校化学学报,2021,42(12):3624-3631.

8.Xiong, Yueting, et al. Circulating proteomic panels for risk stratification of intracranial aneurysm and its rupture[J]. EMBO Molecular Medicine,2022,14(2).

9.Kong, Siyuan, et al. pGlycoQuant with a deep residual network for quantitative glycoproteomics at intact glycopeptide level[J]. Nature Communications,2022,13.

10.Di Yi, et al. MdCDPM: A Mass Defect-Based Chemical-Directed Proteomics Method for Targeted Analysis of Intact Sialylglycopeptides[J]. AnalyticalChemistry, 2019, 91 (15): 9986-9992.

11.Lijun Yang, et al. Chemical labeling for fine mapping of IgG N-glycosylation by ETD-MS[J].Chemical Science. 2019, 10, 9302–9307.

项目：

1)国自然项目“高效、精准的糖蛋白化学标记、质谱鉴定及成像技术开发用于蛋白质糖基化时空动态检测” 2019-01-01 至 2021-12-31  

2)科技部项目“面向数据库搜索的蛋白质组精准鉴定技术体系研究” 2016-06 至 2021-05

3)上海市重大疾病蛋白质组研究专业技术服务平台服务能力提升项目

4) 国自然项目“糖链数据库非依赖的位点特异性糖基化蛋白质组鉴定技术开发”2023-01-01至2026-12-31

5)上海市生物医药糖复合物专业技术服务平台

6) 上海市2022年度“科技创新行动计划”科学仪器领域项目“仪器共享配套操作与应用技术研究”

7)上海市糖复合物研究专业技术服务平台

8)上海市重大疾病蛋白质组研究专业技术服务平台(2024PT01)

所获奖励：

2024年大型科研仪器绩效考核先进个人

2019、2020、2023、2024、2025年年度考核优秀